1.政府
『時の政府』を『時の政府』という組織としている創作もあるが、ここは単純に一般的な意味での『その当時の政府』という意味で解釈。
正直、溢れている『政府マジブラック』には嫌気がさしているので、当方の創作では政府はごくごく真っ当な、国家及び国民の安全と利益を守る政府であり、政治家であり、行政機関であるという、至極普通で当たり前の設定。なんで自分の国の政府をあそこまで無能・悪役設定に出来るのか理解不能。
但し、『至極真っ当な政府』イコール『ピュアホワイトで清廉潔白な政府』ではない。国家と国民を守るためには諸外国との駆け引きや諜報活動、多少の策謀は当たり前だし、情報を国民に全開示するわけもない。ピュアホワイトなんてのはお人よし以外の何者でもなく、そんな政府や政治家が国防を担えるはずもない。多少のダークサイドは持っている。但し、全ての基盤となるのは『国家と国民の安全と利益を守るため』。
人間の集まりである以上、役人の中には当然ながら阿呆もいる。しかし、基本的に地位が高いほど人格も能力も備わっている。特に皇族は『世界で最も高潔で誇り高い一族の一つ』と世界中から評価されている。
政府官僚も私利私欲のために動くことはなく、国家に命を捧げる覚悟を持っている。そのため、21世紀のような政治業者は淘汰されていく。勿論、そういう者もいないではないが、そういった国会議員が閣僚になることはない。21世紀から23世紀の間に色々あって政治的に革命が起きたとか、戦争があったとかで国民の意識が変わった結果、政治的に成熟し真っ当な政治認識と当然の愛国心を国民が持つようになった。
特に歴史修正主義者との内戦が起こってからは、政府もより一層自分たちが今為すべきことを理解し、行政機関・各省庁一丸となって内戦終結に向けて邁進している。それでも私利私欲に走る小役人を完全には排除できていない。
2.監督省庁
当初は『内閣府歴史改変対策局』として発足。陸軍や警察庁と連携を取りつつ対処していた。その後、歴史修正主義者が異形を使って明治以前に侵攻を始めたため、事態の重さを鑑み独立した省として『歴史保全省』を設立。初代歴保相は当時の内閣総理大臣久邇宮敬仁が兼任した。その後、藤原北家冷泉篤尭が歴史保全大臣に就任している。
歴史保全省は陸軍と連携し、各時代の歴史修正主義者との戦いの指揮を執ると共に、様々な技術の開発・管理、宮内庁神祇局・護歴神社とも協力し歴史改変の動きに対応している。時間遡行装置や時間遡行システムの管理も歴史保全省が行なう。また、審神者は陸軍の士官ではあるが、出向という形を以って歴史保全省職員となっている。
3.担当官
歴史保全省歴史改竄対策局審神者部実働補助課（通称：担当官課）の役人。神薦・寺社薦審神者しか居なかった時期は1人の審神者につき1人の担当官がついていた。当時の担当官は元々宮内庁神祇局職員だった者が転属している。その後、審神者の人数が増えるに従い、1人の担当官で複数の審神者を担当するようになった。但し、担当官は審神者部の中で最も人格面とコミュニケーション能力が要求される部署であるため、人数が少なく、一時は1人の担当官で50人近い審神者を担当することになった。しかし、それでは充分なケアが不可能ということで、各省庁から人材を募り改善され、基本的に担当官1人につき審神者は最大10人までとなった。大抵は5人程度の審神者を担当する。
担当官実務に就く前に陸軍特殊部隊や宮内庁神祇局・歴史保全省歴史改竄対策局情報部・管理局・技術局による様々な研修が行なわれ、ここで脱落する者もいる。また、研修内容にはメンタルケアについての研修も含まれる。
なお、実はこの担当官課職員は全省庁の中でも一番のエリート集団である。
4.監察機関
癒着を防ぎ公正な判断を下すため、歴史保全省とは異なる省庁で担当する。呪術を扱うこと、日本において歴史改変が最も影響するのは皇室であることから、宮内庁が監察機関となっており、特に宮内庁監察局監査部が担当する。元は神祇局内にあった部署が昇格した。旧神祇局であることから、審神者よりも刀剣男士寄りな立場を取るケースもある。
重要視（優先順位）は刀剣男士→審神者→政府となっており、刀剣男士に過剰要求をする審神者、審神者に過剰労働・要求を強いる役人を取り締まる。なお、命の危険に関しては刀剣男士は神であるためにより脆い生命体である審神者が優先される。
審神者や刀剣男士・本丸・歴史保全省だけではなく、場合によっては内閣・政府そのものに対しても監査を行なうことが許されている。歴史保全戦争に関する監査に限り、監察機関は政府の意向や制約を一切受けない。その為、監察官の人権と生命は天皇陛下と天照大神の御名によって保障される。
5.こんのすけ
公式で管狐・油揚げ好き。審神者のサポート役であるとともに政府からの連絡役。政府と繋がりがあり、その意向を伝えるという側面から、2次創作では『政府のイヌ』扱いされることもあるが、誰が主（使役者）であるのかは明言されていない。
管狐であるからには使役者がいるはずだが、それは明言されていないため、ここでは政府の中でも神仏関係に縁の深い宮内庁神祇局呪術部の術者を使役者としていることとする。その後、使役者が許可すれば審神者に所有権を譲渡し、審神者個人の所有とすることも出来る。その場合もこんのすけの機能に変化はない。霊力供給経路が神祇局職員から審神者に変わる程度。審神者に所有権が譲渡される段階でこんのすけから審神者への好意はMAX状態になっているから、職務上の不都合もない。
所有者（主）は使役者である神祇局職員または審神者で、政府（歴史保全省）は上司といった扱いなので、政府に絶対服従というわけでもない。上司に過ぎないから主（またはサポート対象）である審神者に不利益を齎すというのならば逆らうこともある。
機械ではなく管狐という妖怪であることから、それぞれに性格などもあると思われる。
6.所属国
本来のゲームサーバー以外にも設定。令制国を元とし、プラス北海道（蝦夷）と沖縄（琉球）を加える。
所属国は飽くまでも管理グループに過ぎず、所属国の地に本丸があるわけではないし、指揮系統が所属国で変わるわけでもない。単に本丸の管理を行政側が把握しやすくするためだけのもの。
本来のゲームであればサーバーを超えての演練は不可能だが、サーバーという観念は創作上ないので、どの国に所属していてもそれによって交流が出来ないとか演練会場・万屋街が異なるということもない。
まず、京都のある山城に最初の審神者（皇族男子）、後は敵軍が感知された蝦夷（函館）、陸奥（会津・厚樫山）、下野（宇都宮）、武蔵（江戸）、攝津（大阪）、美濃（関が原・墨俣）、越前（越前）、遠江（三方ヶ原）、尾張（桶狭間）、相模（鎌倉）、筑前（元寇）と配置された。その後は埋まっていない番号順。
7.万屋
政府が運営する巨大ショッピングモール。但し、外観や雰囲気、内装、従業員の制服は多くの刀剣男士に馴染みがあるであろう江戸時代風になっている。
24時間営業で食料品、衣類、日用品を取り扱っている。フードコートや飲食店もある。映画館やボーリング場、バッティングセンター、カラオケ、ゲームセンターなどの遊興施設もあるが、使用できるのは戦績ランクがA以上の審神者とその刀剣男士のみ。つまり、ちゃんと仕事してない審神者と刀剣男士は遊んでる暇あるなら仕事しろーということ。
各本丸の大手門から行くことが出来、所属国が何処であっても同じ場所に繋がる。刀剣男士のみ、審神者のみで行くことは出来ず、必ず審神者+刀剣男士1振以上でないと大手門から出ることが出来ない仕様となっている。
全ての店の支払いは現金ではなく、審神者IDによる決済。刀剣男士も決済用のIDを持っているので、刀剣男士が買い物をすることも可能。IDはカードとして支給されている。
また、通信販売も行なっており、本丸の端末から注文することも出来る。食料品などは大量であるため、万屋生協で通販利用する本丸が多い。
8.通信販売
政府（歴史保全省管理局総務部）が管理運営するインターネット通販で、『さにわ通販』『さにわモール』『サニゾン』と呼ばれる。飽くまでもこれらの名称は通称で、全て同じシステムを指す。正式名称は『本丸在宅通信による自動決済システム』という面白みもない面倒なもの。
万屋で取り扱っていない商品（娯楽品・嗜好品・高級品）も扱っており、基本的に支払い手続きが済むと直ぐに決済され商品が手元に届く。
支払いは万屋と同じくIDによる決済のみ。審神者専用端末と刀剣男士用端末からアクセス可能。
審神者の存在は一般にも知られていることから、民間にこの通信販売事業を委託することも提案されたが、癒着が生まれたり収賄の温床となりかねないこと、本丸に送る物資に何かが仕込まれる可能性があることから、民間委託は却下された。現在は商品の選定・仕入れや納品、管理など全ての通販に関わる業務を歴史保全省管理局総務部物販課が行なっている。そのため、物販課は中途採用（某大手通販サイトとか某大手宅配便業者出身者）が多く、また課員も多い。
9.インターネット
パソコン環境は21世紀のディスプレイとキーボードを使う形式から変わっていない。インターネットも同様で、SF創作物のような脳内展開する画面や複数の空中に展開する画面などはない。一旦実用化はされたものの、ディスプレイとキーボードという物理的な制約を受けないために『便利すぎ』たため、21世紀とは比べ物にならないほどのネット依存を招いた。また、脳内に直接接続端子を埋め込むことから、脳波に異常を来たす者も出たため、21世紀までのディスプレイ＆キーボード型を維持していくことが世界的に決まっている。
インターネット接続に関しては現世と変わらないシステムが本丸でも構築されている。但し、独自のネットワークが構築されており、審神者関連のサーバーに現世からアクセスすることはできない。さにわ通販・さにわちゃんねる・さにわ知恵袋には本丸ID（IPアドレス扱い）でなければ弾かれるし、審神者IDでのログインしなければ閲覧・書き込みなどの利用ができない。
また、21世紀のTwitter・FaceBookなどのSNS的なものもあるが、現世のそれらを審神者は利用できない（閲覧のみは可能）。現世のネットサービスは閲覧のみ。
現世の家族や友人との連絡にメールやスカイプなどを使うことはできるが、安全と機密保持のため政府に申請し、審査を通過しなければ許可されない。審神者同士・審神者と政府役人（担当官）との通信はメール・スカイプともに独自システムを構築しており、申請などは不要。
10.328（さにわ）ちゃんねる
2ちゃんねる風巨大掲示板。管理運営は宮内庁監察局監査部。
現世から隔離されている審神者たちの愚痴吐き場として亜空間上のネット空間に設置されている。そのため、現世からの書き込みは勿論、本丸設置の端末及び支給された小型端末以外からの書き込みもできない。何らかの問題がある審神者をあぶりだす目的もあり、常に監察部のネット担当がスレを監視している。
掲示板は匿名性を重んじてID非表示となっているが、実は固定のIDが接続した本丸によって割り振られており、管理側では直ぐに誰が書き込みをしたのかを特定可能。尤も、余程問題のある書き込みでなければ特定はしない。逆に言えば問題があると判断された場合は即座に監査が動くか、担当官に連絡が行く。
類似したものに相談特化の『さにわ知恵袋』もある。